21 ноября 2025 года Магомедов был задержан по обвинению в мошенничестве в особо крупном размере. 

Началось дело с обвинения в очень тяжком преступлении каковым является «мошенничество» (статья 159 части 2,3 и 4). По первоначальной версии опубликованной пресс-службой МВД РД говорится, что следствием установлено, что М. Магомедов, будучи генеральным директором ГАУ РД «РИА «Дагестан», незаконно издавал приказы и принимал на работу лиц, которые фактически трудовые обязанности не исполняли. В результате, в течение нескольких лет подозреваемый, путём перечисления денежных средств на банковские счета последних, похищал бюджетные средства.

Также подозреваемый заключил ряд договоров на проведение различных работ, однако фактически указанные услуги не оказывались, в результате чего в каждом из эпизодов были похищены бюджетные денежные средства. В частности, этими действиями ГАУ РД «РИА «Дагестан» был причинён ущерб в особо крупном размере.

Однако, в ходе следствия исчерпывающе установлено, что Магомедов мошенничества не совершал, и в итоге в апреле 2026 года обвинение снято. Ясно, что безусловно это нанесло непоправимый моральный ущерб Магомедову и его репутации.

На момент задержания Магомедов работал главным редактором республиканской газеты “Молодёжь Дагестана”